Po sametové revoluci se stal ministrem bez portfeje a následně ministrem mezinárodních vztahů Slovenska. V této roli pomáhal posilovat pozici Slovenska v rámci tehdejší federace. Později přešel do Hnutí za demokratické Slovensko (HZDS), kde působil jako ministr zahraničních věcí a místopředseda slovenské vlády.
Rozchod s HZDS a nová politická cesta
Kňažko se však v roce 1993 s Vladimírem Mečiarem a jeho HZDS rozešel. Založil Alianci demokratů Slovenska, která se stala první významnou odštěpeneckou stranou. V roce 1994 se spojil s Demokratickou unií Slovenska a později se stal jedním z lídrů Slovenské demokratické koalice (SDK), za kterou byl zvolen do parlamentu.
Ve vládě Mikuláše Dzurindy (1998-2002) působil jako ministr kultury. Během tohoto období se podílel na formování nové kulturní politiky Slovenska. V roce 2000 přešel do strany Slovenská demokratická a křesťanská unie (SDKÚ), která se stala jednou z hlavních sil slovenské politické scény.
Kandidatura na prezidenta a další aktivity
V roce 2014 se Kňažko pokusil o prezidentský úřad, ale v prvním kole voleb získal 12,86 % hlasů a nepostoupil do druhého kola. Přesto zůstal významnou osobností slovenského veřejného života. Kromě politické činnosti byl i generálním ředitelem televize JOJ a prezidentem Mezinárodního filmového festivalu Bratislava.
Milan Kňažko je osobnost, která výrazně ovlivnila slovenskou historii nejen jako herec, ale i jako politik a bojovník za demokracii. Jeho životní příběh je inspirací pro všechny, kteří se nebojí postavit za svobodu a spravedlnost. Dnes, na své narozeniny, je stále vnímán jako jedna z klíčových postav slovenské kulturní a politické scény.