Hnízdil je známý svými netradičními metodami a názory, což některé kolegy zřejmě rozčílilo. Držitel anticeny Bludný balvan, kterou uděluje Český klub skeptiků Sisyfos za zavádění veřejnosti, Hnízdil často přednáší o svém přesvědčení, že „věda je pouhým potvrzováním lidových přísloví“. Toto tvrzení vyvolalo kontroverze a kritiku ze strany skeptiků, kteří tvrdí, že Hnízdil preferuje lidové moudrosti před klinickými diagnózami.
Jeho konflikt s Českou lékařskou komorou se prohloubil během pandemie COVID-19, kdy začal veřejně kritizovat některá opatření a doporučení. V roce 2021 pak server Aktuálně.cz ukončil spolupráci s několika autory včetně Jana Hnízdila, kvůli zveřejňování nepravdivých, zavádějících a neověřitelných informací ve svém blogu.
Nyní se MUDr. Jan Hnízdil chystá zaměřit se na svou „léčitelskou poradnu“ a nadále poskytovat pomoc a léčbu svým klientům mimo rámec oficiální lékařské praxe. Jak se jeho rozhodnutí odchodu z komory a budoucí kroky projeví na jeho kariéře a veřejném vnímání, zůstává otázkou.