Během svého života trpěl astmatem, což ovlivňovalo jeho zdraví. Avšak v dospělosti se jeho stav začal zhoršovat kvůli nadměrné konzumaci cigaret a alkoholu. Příležitostně dokázal vykouřit až 80 cigaret denně, a alkohol negativně ovlivnil jeho schopnost rozeznávat barvy.
Vladimír Menšík / Zdroj: youtube.com
Vladimír Menšík se rozhodl léčit a čtyři roky se úspěšně zdržel alkoholu a kouření. Bohužel, později začal s těmito škodlivými návyky znovu. Krátce před svou smrtí začal otevřeně hovořit o svém zdravotním stavu, který zahrnoval problémy se žaludkem a srdcem. Trpěl také závažnou formou astmatu.
Dne 29. května 1988 Menšík náhle opustil tento svět ve věku 58 let. Příčinou smrti byl prasklý žaludeční vřed, který způsobil vnitřní krvácení do břicha. Zemřel v brněnské nemocnici U svaté Anny.
Vladimír Menšík byl pohřben na pražském hřbitově Olšany. Po sobě zanechal dvě dcery a dva syny.