Napětí mezi Zákopčaníkem a vedením televize rostlo, což vedlo k jeho odchodu v roce 2005. Poté se vrátil k práci leteckého meteorologa v Českém hydrometeorologickém ústavu a spolupracoval s Rádiem Blaník.
Od záplav k zatmění: Poslední kapitola života
Před svou smrtí Ján Zákopčaník vydal knihu „Od záplav k zatmění“, ve které popsal svůj životní příběh a zkušenosti. Na své ikonické „Slunce v duši“ si nechal zaregistrovat ochrannou známku, kterou po jeho smrti zdědili jeho manželka Jitka a děti Anežka, Marek a Jonáš.
Odkaz, který zůstává
Ján Zákopčaník byl výjimečnou osobností mezi televizními meteorology. Jeho klidné vystupování, profesionalita a jedinečný styl z něj učinily nezapomenutelnou postavu. I po jeho odchodu zůstává v srdcích mnoha diváků a jeho práce inspiruje další generace.