Protože počet varovných signálů narůstal, rozhodl se kapitán kontaktovat operační středisko Helios Airlines a nahlásit aktivaci alarmu nastavení vzletu a poruchu chlazení avioniky. Technik, který s kapitánem hovořil, měl podezření na problém s přetlakem v kabině a zeptal se: „Můžete potvrdit, že je panel přetlaku nastaven na AUTO?“ zeptal se přímo kapitána.
Kapitán však tuto otázku ignoroval. Zeptal se pouze, kde jsou umístěny pojistky chladicího systému. To byl poslední rádiový kontakt s letadlem. Letadlo vystoupalo do výšky 10 000 metrů nad zemí. Do té doby se středisko řízení letového provozu v Nikósii pokusilo 19krát kontaktovat posádku, ale bez úspěchu.
Přistání bylo neúspěšné
Protože se nepodařilo navázat rádiové spojení, vstoupilo letadlo v 10:40 do vzdušného prostoru mezinárodního letiště v Aténách. K boeingu se přesunuly dvě stíhačky F-16 patřící 111. hotovostní letce řeckého letectva.
Tento pohled se pilotům stíhaček vůbec nelíbil. Cestující na přítomnost F-16 nereagovali a zdálo se, že spí. Visely nad nimi kyslíkové masky. Uvnitř pilotní kabiny to však bylo děsivější. Druhý pilot ležel v bezvědomí na svém sedadle a kapitána nebylo nikde vidět.
Boeing 737-300 vypadal jako letadlo duchů. Co se stalo? V důsledku poklesu tlaku v kabině došlo k masivní hypoxii. Nízký tlak připravil cestující a posádku o kyslík a mnozí ztratili vědomí. Boeing letěl dál, ale nikdo nedokázal převzít kontrolu nad letadlem.
Jedna osoba však vědomí neztratila. Letuška Andreas Prodromou si zřejmě vytáhl přenosný kyslík, když všichni začali ztrácet vědomí. Měl civilní letecký průkaz a v kritické chvíli byl odhodlán všechny na palubě zachránit.
V 11:49 se dostal do kokpitu a zaujal místo kapitána. Zatímco se snažil dostat letadlo pod kontrolu, zavolal rádiem o pomoc. Neměl však žádnou šanci. Neměl kvalifikaci pro řízení Boeingu 737. A neměl dostatek času.
V tu chvíli došlo letadlu palivo v levém motoru a letadlo se pomalu stočilo doleva a začalo klesat. Po deseti minutách došlo palivo i v pravém motoru. Boeing 737-300 se zřítil ve 12:04 místního času poblíž obce Grammatico nedaleko řeckého Marathonu. Pitva později potvrdila, že všichni, kdo byli v době havárie na palubě, přežili.