Úspěchu dosáhl nejen jako herec, ale také jako režisér. Natočil například filmy Seznam cizoložníků, Milostné historky nebo Velká bestie. Jeho posledním režisérským počinem byl film Občan (2014), který je osobní výpovědí o důležitých událostech polských dějin.
Jerzy Stuhr posledních letech trpí zdravotními problémy. Podle webu Polsat News byl v září 2011 hospitalizován s rakovinou hrtanu. Po dlouhé rekonvalescenci prodělal v roce 2020 mozkovou mrtvici. O tři roky později byl na jednotce intenzivní péče kvůli onemocnění plic.