Zdravotní komplikace a dlouhý boj s nemocí
Na začátku 90. let Petr Čepek onemocněl rakovinou slinivky, která mu byla operována jako jednomu z prvních pacientů v Česku. I přes zákrok mu však bylo stále špatně a lékaři dlouho nemohli určit příčinu jeho potíží. Rakovina se nakonec vrátila a metastázovala. Přesto Čepek svou nemoc dlouho tajil, zejména před svou dcerou Petrou, která byla v té době těhotná. Nechtěl, aby se o něj a o své nenarozené dítě zbytečně obávala.
Poslední dny a důstojný odchod
Čepek trávil poslední dny svého života na milované chalupě, ale nakonec byl hospitalizován ve vrchlabské nemocnici, kde mu byla velkou oporou jeho poslední manželka Ivana. Zůstávala u něj v nemocničním pokoji, kde si nechala přistavit lehátko, aby mu mohla být co nejblíže. Jak jeho zdravotní stav postupně zhoršoval, Čepek si přál, aby Ivana nemusela být svědkem jeho smrti. Nakonec zemřel ve chvíli, kdy si jeho manželka na chvíli odešla odpočinout do města.
Lekce Faust: Čepekovo poslední dílo
Posledním filmem Petra Čepka, který natáčel v době, kdy ho nemoc zcela ovládla, byl Lekce Faust režiséra Jana Švankmajera. I přesto, že se filmové postsynchrony natáčely ve velkých bolestech, Čepek podal nezapomenutelný výkon a posmrtně získal Českého lva za nejlepší mužský herecký výkon. Jeho dcera Petra však později v pořadu Tajemství Petra Čepka uvedla, že toto ocenění považuje spíše za symbolický akt vzhledem k hercovu úmrtí.
Petr Čepek zůstává i třicet let po své smrti nezapomenutelnou postavou české kinematografie, která svými rolemi fascinovala a inspiruje dodnes.