Někteří věří, že po Ježíšově pravici není zobrazen Jan, ale Maria Magdaléna, která byla údajně manželkou Krista.
Také jejich siluety lze spojit do písmene M, což znamená slovo matrimonio – „manželství“.
Existují vědci, kteří věří, že toto uspořádání apoštolů je způsobeno tím, že Leonardo je umístil podle znamení zvěrokruhu.
Podle této legendy byl Ježíš Kozoroh a Maria Magdaléna byla Panna.
Zajímavostí je, že během 2. světové války zasáhl klášter granát, který budovu téměř úplně zničil, kromě stěny, na které byla malba umístěna.
Jídlo na stole také vzbuzuje spoustu otazníků. Například u Jidáše mnozí vidí převrácenou solničku, což, jak je známo, je špatné znamení.
Existuje také předpoklad, že na obraze Jidáše Tadeáše, který sedí zády k Ježíšovi, se Leonardo zobrazil sám.
Póza zároveň není náhodná, neboť samotný umělec se držel ateistických názorů.
Mnohá díla umělců uchovávají různá tajemství. Samozřejmě, některá jsou přitažená za vlasy, ale naučit se něco nového není vůbec na škodu.